Struktur/Logik von Drupal - Einbinden von Inhalten

Hallo,

eine -für Cracks wahrscheinlich ziemlich blöde- Frage zur Struktur von Drupal.

Mein Ziel:
Ein kleines Intranet. Die Verbindung zum Active Directory unsers DC hab ich hinbekommenn. Nun will ich einige Anwendungen, die ich bisher erstellt hab nach Drupal migrieren, da die Anforderung besteht, Zugangs- und Änderungsberechtigungen für eben jene Anwendungen einzurichten. Drupal erschien mir geeignet und bis jetzt gefällts mir auch ganz gut. ;)

Mein Problem:
An welcher Stelle binde ich meine Anwendungen ein? Jede als Modul? Oder muss ich jeweils eine "Seite" erstellen und via include einbinden? Wie kann ich am besten vorgehen?

Zum Verständnis: Mit Anwendungen sind vielerlei Helferlein gemeint. Als da unter anderem wären.
- ein SMS-Programm
- ein Reporting-Tool, dass aus verschiedenen Datenbanken Daten zieht und diese auswertet
- ein Datensatz-Konverter zum Datenaustausch
- ...
Das ganze ist also relativ heterogen und teils auch recht komplex. Ich denke nicht, dass ich mit Standard-Modulen weiterkomme.

Vielen Dank!