Cronjobs und ein paar andere Performance-Probleme

Vorweg:
Diesen Thread http://www.drupalcenter.de/node/15393 und die Verweise habe ich mir schon angeschaut.
Dennoch möchte ich die Sache noch mal in einem eigenen Thread thematisieren, nach euren Erfahrungswerten fragen und die Schwerpunkte etwas anders setzen - zumal vieles doch sehr Strato-spezifisch war, ich aber bei einem anderen Webhoster, nämlich Webhostone, bin.
Es ist shared Webspace, aber schon relativ nahe am Managed Server konzipiert, ich kann sehr viele Einstellungen selbst vornehmen, auch Cronjobs selbst einrichten (was ich aber - zum Glück - noch nicht habe). PHP Speicherlimit ist 128 MB. PHP 5.2.9

In den letzten 12 Stunden habe ich, wie es aussieht, zweimal beim Versuch, Cron auszuführen, den kompletten Server mit allen Diensten (inkl. E-Mail) abgeschossen. Will ich nicht noch mal haben, könnte mir auch vorstellen, dass der Hoster dann sauer wird. Wenn der Server nicht abgeschossen wurde, bekam ich entweder die Meldung "Cron-Lauf fehlgeschlagen", oder einen Bildschirm voller Meldungen, dass zig Sachen in der Database nicht geupdated werden konnten. Den hier "Cron läuft seit mehr als einer Stunde und hängt sehr wahrscheinlich." hatte ich auch mehrfach - sonst keine Log-Einräge, die mit der Sache zu tun haben könnten.
Errorlog des Servers:

- nur beim zweiten dieser Ausfälle, beim ersten nicht, da war es das hier:

Außerdem hing bei mir die update.php immer, beim Update von Nodewords - das ich jetzt sogar deinstalliert habe, aber er (wer auch immer "er" ist *lol*) will es immer noch updaten.

Die Seite, um die es geht, hängt in einer Multisite-Installation und ist die "dickste" mit den meisten Modulen. Wobei sich die Anzahl der Module sich wohl vergleichsweise noch im Rahmen hält, aber halt vieles, was man so für eine Community braucht, und natürlich die Module, ohne die bei Drupal eigentlich nix geht.

Es kann aber ja eigentlich nicht sein, dass so ein popeliger Cronjob einen ganzen Server lahmlegt. Nun habe ich vorerst mal das Update-Status-Modul deaktiviert, das wohl in vielen Fällen die Ursache des Übels war. Wobei ich es überaus praktisch finde, werde es dann wohl handhaben müssen wie jemand im anderen Thread und von einer lokalen Installation aus die Updates suchen.

Aber trotzdem, vielleicht hat es ja auch andere Gründe, und da wüsste ich einfach mal gern eure Erfahrungswerte:
- Multisite-Installation zu dick? Wie verhalten sich von der Performance her eigentlich ganz allgemein Module, die zwar im Modulverzeichnis für alle Sites installiert (weil für 9 von 10 benötigt), aber nicht aktiviert sind? Ist das unnötiger Ballast für die Sites, die sie nicht verwenden?
- In der Datenbank irgendwas zu voll? Oder irgendwas zerschossen, weil es Fehler oder Abbrüche bei vorherigen Cron- oder Update-Läufen gab? Neuinstallation sinnvoll, und wie entfernt man dann die Fehler aus der DB? Nur ausgewählte Tabellen mit Inhalten und Usern importieren?
- Oder läuft da tatsächlich durch irgendein Modul, das ich installiert habe, eine Endlosschleife, die einen DOS-Angriff auf den Server startet?