drupal 7.8 auf 7.9 updaten

In den Drupal-Ordnern (= alles außer sites) ändert man grundsätzlich nichts. Dann gibt es beim Drupal update auch keine Probleme. Wir predigen hier im Forum immer wieder "Never touch the Core" oder "Don't hack the Core" usw. Wer es trotzdem tut lebt mit den Folgen.
Alle zusätzlich zum Core installiereten Module gehören nach sites/all/modules. Alle CSS Änderungen werden in einer CSS-Datei im eigene Theme zusammengefaßt und dort in der ,info-Datei eingebunden. Wenn Du ein Core-Theme genommen hast, solltest Du auch das nach sites/all/themes kopieren und umbenennen (den Namen des Ordners ändern, alle Dateinamen ändern, in allen Dateien in dem Theme den Namen an allen Stellen, wo er verwendet wird, ändern). Danach ist es Dein Theme das sich nicht ändert, wenn es einen Update gibt. Eine andere Alternative bei Themes ist das Ableiten von einem Core-Theme. Hier im Handbuch oder auf Drupal.org gibt es dazu passende Anleitungen.
Wer in dieser Weise seine Installation pflegt, brauch nur das Verzeichnis sites zu sichern, wenn es um einen Update geht. Wer es noch nicht gemacht hat, sollte seine Seite entsprechend vor dem Update umbauen.
Die (unsichtbare) Datei .htaccess ist ein Spezialfall. Wenn Du darin geändert hast (für Deinen Webspace) solltest Du die auch sichern und mit der neuen vergleichen. Dann entweder die Alte wieder einspielen, oder die neue modifizieren.

Beste Grüße
Werner