Mehrfach vorhanden Module: Probleme beim Modul-Update

Hallo zusammen!

Ich hab noch nicht allzuviel mit Drupal gemacht und jetzt eine vorhandene Drupal-Installation "geerbt" (Core 6.2).
Bei dieser Installation sind manche Module doppelt, andere sogar dreifach in unterschiedlichen Ordnern enthalten (/modules, /modules/acquia, /sites/all/modules und /modules/modules).
M.E. ist die Sache nicht sauber installiert. Ich habe das Ganze aber zunaechst ignoriert, da die Seite funktioniert. Erst beim Versuch einige Module zu updaten bin ich auf folgendes Problem gestossen: Bei manchen Modulen geht der Update problemlos, bei anderen erkennt Drupal das Update nur z.B. an der Stelle /modules aber nicht an der Stelle /sites/all/modules. Bei wieder anderen kann ich das neue Modul hinkopieren wo ich will und Drupal erkennt das Update nicht...
Die "ueberschuessigen" Module zu loeschen traue ich mich nicht, da ich nicht weiss, wie Drupal bzw. die zugrundeliegende Datenbank darauf reagiert.

Ich bin dankbar fuer alle Tipps, wie ich die Installation wieder geradebiegen kann.

Gruss
Chaoyang