von "modules" nach "sites/all/modules"

Hallo

Seit dem Update von Drupal 5.2 auf 5.3 scheint meine MySql-Datenbank ein Problem zu haben. Die node_access Tabelle wird nicht mehr weitergeführt, folglich haben die User keinen Zugriff auf neu erstellten Inhalte. Wenn ich alte Inhalte editiere, wird der dazugehörige Eintrag in der node_access Tabelle gelöscht.

Irgendwelche Ideen? Ich kriegs irgendwie nicht gebacken...

Edit:
Hab grad ein Backup vor dem Update eingespielt und nochmals auf 5.3 aktualisiert. Leider nicht viel neues, habe immer noch das selbe Problem.
Was mir aufgefallen ist: Ist es normal, dass beim ausführen der update.php gar nichts in der Datenbank verändert wird?

Edit 2:
Ich habs mittlerweile rausgekriegt... Das Problem lag nicht am Update. Ich habe 3rd-party module von "modules" ins "sites/all/modules" Verzeichnis verschoben. Hat auch funktioniert, zumindest auf den ersten Blick. Hab das jetzt bei der 5.2 Installation nochmals probiert, bleib aber wieder beim oben beschriebenen Problem hängen.

Wie kann ich denn jetzt meine Module ins sites Verzeichnis verschieben, ohne dass ich das ganze System wieder verhaue?